「校務稽核組」前身為「內部稽核小組」，採任務編組方式設置，置主任一人，由校長自本校具財務管理專長之專任教師遴聘兼任，小組成員由秘書室行政組2位同仁支援，進行學校校務稽核相關工作。自112學年度起因應學校組織改造，「內部稽核小組」調整為秘書室項下「校務稽核組」，正式納入學校組織架構中。目前「校務稽核組」置組長1名，組員2名，現任組長具備財務管理專長，2位組員為會計系學士畢業，成員除具財金背景並有豐富的會計實務及行政事務經驗，綜理學校內部稽核工作，其查核範團包含：人事事項、財務事項、營運事項與關係人交易4大類，於每學年度訂定「稽核計畫」，經校長核定後執行內部稽核工作。